元軍從高麗合浦出兵至今，已在船上連續(xù)生活一個多月。盛夏的酷暑和生存環(huán)境的惡劣使得元軍中開始蔓延傳染病，已有兩三千人病死。
在今津方面，企圖登陸的元軍也被駐防當?shù)氐乃_摩、大隅等國的武士所阻止。
這時，同江南軍的匯合期限將至，忻都等將領(lǐng)經(jīng)過商議，決定撤回壹岐島該島是兩路大軍事先約定的會師地點。
雖然元軍進展受阻，但是日軍戰(zhàn)敗的流言卻在日本內(nèi)地流行開來。在京都，甚至傳言“九州已經(jīng)滅亡，不久就會攻打京都”。
東路大軍在壹岐島逗留一段時日之后，眼見與江南軍約定的會合期限已過，該島周圍卻仍然不見一只帆影。
忻都召集眾將，進行了數(shù)輪磋商，尋求對策。
高麗籍大將洪荼丘認為形勢不容樂觀：“向約江南軍與東路軍六月望前會于壹岐。今南軍不及期，我軍先至，大戰(zhàn)者數(shù)矣，船腐糧盡，將其奈何?”
此時，洪荼丘已生退意，只不過沒有明說而已。但其他將領(lǐng)也拿不出好的主意，就連一向敢言的金方慶此時也不發(fā)一言。
十幾天后，金方慶才說出了自己的明確意見：“我等奉旨備三月糧，今尚有一月之糧，不如先待江南軍到，再合而攻之，必可破此島夷”。
金方慶的建議遂成決議。東路軍繼續(xù)固守壹岐島。
江南軍本應在6月中旬前到達平戶島，與東路軍會師，卻遲遲不見蹤影。
原來早在3月，就有日本船只順風漂流至中國大陸，元朝方面令其水工畫日本地圖，并詳細詢問日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有個名為平戶的小島，周圍皆水，是一處天然的港口，且防備薄弱。
元朝征東行省得知這個消息后，便臨時更改了作戰(zhàn)計劃，決定把東、南兩軍的會師地點改在平戶島。因為太宰府才是此次東征軍所要攻占的戰(zhàn)略要地，平戶島近水樓臺，元軍可繞過對馬等島嶼，直接實施“越島作戰(zhàn)”。
忽必烈對這個改動方案表示認可。于是江南軍方面便派出了一支六十艘船的先遣隊赴日，意在向東路軍通報作戰(zhàn)方案變更之事。但是江南軍先遣船隊卻因航道生疏，沒有如期到達壹岐島。
另外，事先安排元軍總指揮阿剌罕與江南軍同時出征，但阿剌罕卻因年紀老邁而突然病故，忽必烈不得不臨戰(zhàn)易帥，臨時任命阿塔海為兩路軍總指揮，以履行阿剌罕之職。阿塔海又不能立即達到寧波，于是范文虎在倉促之中于6月18日命令江南軍起錨離港。
江南軍在遭遇多端變故的情形下，于公元1281年6月底到達日本。該軍之一部突破日軍防線，進入壹岐島。7月初，該軍主力十余萬人到達預定陣地平戶島。
7月上旬，固守在壹岐島的東路軍及江南軍之一部開始向平戶方向推進。南北兩軍終于完成匯合，能夠參與作戰(zhàn)的兵力共計十四萬。
平戶島周圍海域布滿了遮天蔽日的元軍旗幟。經(jīng)過幾日的整編，7月下旬，元軍派出小股部隊進行嘗試性登陸，并于27日占領(lǐng)肥前鷹島，將之作為前進基地。
與此同時，日軍方面也開始調(diào)整兵力，多路援軍馳援平戶島、鷹島。
在這一次戰(zhàn)爭中，日軍的戰(zhàn)爭動員和組織能力都有所提高，他們憑借有利地形構(gòu)筑防御工事，并且奮勇作戰(zhàn)，但是終究不能對元朝聯(lián)合部隊起到有效的阻擊作用。并且江南十萬大軍還沒有實質(zhì)性參與到戰(zhàn)爭中來。眾所周知，登陸戰(zhàn)的關(guān)鍵在于搶灘，而非此后的陸戰(zhàn)，一旦十四萬大軍在博多登陸，日軍的抵抗力將被進一步削弱。
7月30日，元軍原計劃于該天啟動全面進攻。但十多萬元朝官兵都看到了這樣奇怪的一幕：海上山影浮波，大魚翻躍;并且能聞到濃濃的硫磺味。諸將領(lǐng)在商議之后撤銷渡海登陸命令。
這是海上風暴來臨的征兆。
面對如此光怪陸離的景象，元軍將士陷入恐懼中，但由于蒙古籍統(tǒng)帥沒有成熟的航海經(jīng)驗，也就沒有采取果斷措施應對，而江南軍中的原水軍士兵經(jīng)歷的水上戰(zhàn)斗大多都是發(fā)生在內(nèi)河即長江一帶，元軍中也有通曉天文海相的將領(lǐng)，其中江南軍將領(lǐng)張禧在擔心之余，果斷率部棄舟登陸進駐平戶島，并且命令所部船只停泊距離要達到五十步之遙。
元軍的悲劇就在這天夜里發(fā)生了。夜半，颶風四起，暴雨狂飆，巨浪如山倒。這場颶風一直持續(xù)到第二天。
部分元軍船只頃刻間傾覆海底，其他船只經(jīng)過颶風顛簸，或者因為泊位過近，在巨浪中相互撞擊，或者因為本身就是內(nèi)河船只，抗風暴能力差，電閃雷鳴之中，數(shù)千船只被巨型風浪撕開。溺死者不計其數(shù)，層層疊疊的尸體被海流帶至港口。
范文虎，這位一直活動在長江流域的南宋降將，并無海上常識，他的船只同樣被風暴撕毀，其本人僥幸抱得船板漂流海中，被部將張禧救起。
颶風過后，諸將緊急召開會議商討對策，范文虎認為應該立即撤退，張禧勸阻說：“現(xiàn)在士卒已溺死大半，存活下來的都是經(jīng)過風浪洗禮的壯士，何不乘其有不戀生死之心，在戰(zhàn)斗中取糧于敵，以求絕地反擊?”
張禧在風暴前的籌備工作中早已顯示出了智謀，如今其置生死于度外敢打絕地反擊戰(zhàn)足見其勇武，不愧為一員優(yōu)秀將領(lǐng)。
元軍固然損失慘重，但是十四萬大軍真正在戰(zhàn)爭中被消耗的，查遍中國、朝鮮、日本三國史料，哪怕只是依賴日本一國史料(沒有貶損日本之意，古往今來，對于戰(zhàn)爭中消滅敵人的數(shù)量，己方往往有夸大戰(zhàn)果之嫌)，不過三千人左右。而在風暴之中遭難者即使占大半，幸存者最保守估計也有四五萬人，這一數(shù)量比日本布置在整個太宰府的兵力還要多。
如果全軍上下能夠統(tǒng)馭有方，置之死地而后生，組織積極防御，即使對方以逸待勞，也絕不至于落得殘軍兩三萬人投降、多數(shù)梟首的悲慘命運。作為軍人，死在戰(zhàn)場上，也遠遠比投降后死在敵人的斷頭臺上要幸運得多。況且，戰(zhàn)爭中充滿變數(shù)，日本敢于以羸弱國力對抗威武大元，元軍絕無道理在兵力并不占劣勢的前提下就放棄戰(zhàn)爭主動權(quán)。
范文虎等人徹底喪失了繼續(xù)戰(zhàn)爭的信心。他表示立即罷兵，各部自行突圍，如果歸朝之后元世祖問罪，由他一人負責。
張禧無奈，只好借船給范文虎，面對平戶島上四千余名兵卒無船可乘，范文虎打算棄之不管。張禧不忍，將船上的七十五匹戰(zhàn)馬以及所有輜重拋入海中，帶領(lǐng)平戶島上四千軍士撤退。
高級統(tǒng)帥的放棄，把最后一點生存的可能變成毫無可能，甚至給其他幸存者帶來了滅頂之災。
剩下的元軍殘部雖然議推張百戶為主帥，號之曰張總管，聽其約束，多方努力試圖伐木造舟而還。本來只有百人統(tǒng)領(lǐng)權(quán)的張百戶，只能將軍令下達給近旁的士兵，根本無法有效指揮數(shù)萬大軍。
元軍幸存者頓時群龍無首，軍人面臨隨時降臨的死亡威脅，這種情況下，只有兩種可能性的選擇，一種是拼死相搏，戰(zhàn)至流光最后一滴血;一種是放棄抵抗，任人宰割。
很不幸，高級將領(lǐng)的逃亡造成指揮系統(tǒng)完全癱瘓，將他們中的至少一半人置入到后一種境地，而選擇抵抗的一批官兵則在相互砍殺中結(jié)束了自己的生命。
數(shù)萬殘部沒有一粒糧食，又經(jīng)過一夜颶風顛簸，失去了作戰(zhàn)的氣力，一番抵抗之后，“盡死，余二三萬為其虜去”。
這批戰(zhàn)俘在一周之后被帶到博多，其中的蒙古籍、高麗籍及中國北方各族出身的官兵 即“漢人”悉數(shù)被斬首。
關(guān)于滯留下來的江南軍的命運，各國史料可以說眾說紛紜。
公元1281年，是為中國元朝至元十八年，日本弘安四年。所以該次戰(zhàn)爭又被日本稱為“弘安之役”。
喪師辱國的范文虎回去后無法交代，于是撒謊告訴忽必烈：“赴日之后，本欲進攻太宰府，不料暴風突襲，集結(jié)殘部組織戰(zhàn)斗之際，萬戶厲德彪、招討王國佐、水手總管陸文政等不聽節(jié)制，倉皇逃逸，臣不得已收拾殘軍回到高麗，爾后就地遣散。”
元世祖對海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾氣與草原和陸地肯定是不同的，在沒有證據(jù)的情況下，只有相信范文虎的謊言。
一年之后，即公元1282年，在日本淪為奴隸的一名江南軍士兵歷經(jīng)劫難逃脫回國，向元世祖忽必烈說出了風暴之后的實情：“諸將各擇堅好船乘之，棄軍士十余萬人于山下”。不久，又有兩名士兵也逃回國內(nèi)，所述與前者相差無幾。
元世祖忽必烈震怒，下令將范文虎等征東諸將治罪，獨赦張禧。
只可惜天助日本，最有可能直接把日本納入我國封建王朝統(tǒng)治領(lǐng)域的一次好機會就這樣喪失了。